自主神经功能障碍的治疗应以情绪调节、自我暗示、心理治疗和行为治疗为主。

通过调整生活习惯，白天尽量不睡觉，保持平和的心态。晚上睡觉前，不要吃刺激性食物，不要做剧烈运动等。，给安眠药，泡脚，洗热水澡。

保持环境黑暗安静，可以促进褪黑素分泌，调节植物神经紊乱。

同时，安眠药、去甲肾上腺素再摄取抑制剂和5-羟色胺再摄取抑制剂也可用于调节自主神经障碍引起的躯体症状、情绪症状和睡眠障碍。