伪膜性肠炎的临床诊断应与下列疾病相鉴别。

1.肠扭转或肠套叠在肠扭转或肠套叠复位后引起肠缺血缺氧。血液循环改善后，因毒素吸收而出现高热、腹泻，有时需要与伪膜性肠炎相鉴别。扭转或肠套叠复位后的腹泻，来源于肠道内积聚的内容物。腹泻的次数和量比伪膜性肠炎少，内容物中有形成分比伪膜性肠炎多。虽然可能出现短时全身中毒症状，但总的趋势是逐渐缓解。大便无典型水样，无假膜。细菌涂片或培养不是以球菌为主，也没有不可区分的梭菌。

2.溃疡性结肠炎溃疡性结肠炎往往有很长的腹泻史。严重者每天可能有十次以上的水样便。少数急性发作的患者可能会出现全身毒血的严重症状。广泛的结肠病变可出现中毒性巨结肠，直至发生肠穿孔和弥漫性腹膜炎。溃疡性结肠炎主要由结肠和直肠引起，缺乏伪膜性肠炎的致病原因，易复发。大便检查无伪膜及相关病原体，黏膜病变为多发性溃疡、息肉。x线检查和结肠镜检查有助于诊断。

3.克罗恩病(克罗恩病)多见于20 ~ 40岁，男女发病率大致相当。急性病例包括回肠充血水肿、肠系膜淋巴结增厚、发热、腹痛、肿块和穿孔。克罗恩病病程长，间歇性症状由轻到重，腹泻不严重。大便往往不成形，稀便，无假膜形成，与使用抗生素无关。最终的诊断需要钡餐和钡灌肠，肠镜和活检。

4.出血坏死性肠炎出血坏死性肠炎与肠粘膜缺血损伤和细菌感染有关。多见于婴幼儿，男性多于女性。病变以小肠为主，肠黏膜阶段性充血、水肿、出血、坏死，可伴有肠系膜及附属淋巴结炎症。可有急性腹部绞痛、腹泻、便血和毒血症，粪便有特殊臭味。发病后1 ~ 2天内，出现全身衰竭、寒战、发热、白细胞增多及核左移、有毒颗粒等毒血症表现。腹泻时，大便仅含少量血性水样便，不易区分轻度出血坏死性肠炎和伪膜性肠炎。