三个月宝宝睡觉摇头，主要是以下几个方面的原因:

一、三个月宝宝睡觉摇头最常见的原因是室内温度过高或者衣服过厚过紧。建议尽量创造舒适安静的睡眠环境，症状可明显改善。同时，也要注意衣着得体，避免过热。

二是需要警惕头皮瘙痒的可能，如蚊虫叮咬、局部皮肤过敏、感染等。建议积极治疗瘙痒，症状可明显改善。

第三，我们需要警惕维生素D缺乏性佝偻病的可能性。