全飞秒激光常见的后遗症是干眼症和夜间视力差。可能有小概率事件，比如最佳视力下降，或者其他问题。

最常见的是两个方面。一方面眼睛会干涩或者不舒服，可能需要用眼药水来矫正。另一方面，可能是夜间视力会下降，比如对着大灯和红绿灯眩光，灯光可能会散射，甚至红绿灯有点鬼影，严重影响夜间驾驶。

这两种大多会在3~6个月后慢慢缓解甚至完全恢复。但仍有少部分患者术后不能接受干眼症或夜视能力差。

另外，以罕见的圆锥角膜为例，由于术前检查特别详细，现阶段发病率越来越低。