慢性肾盂肾炎的治疗包括一般治疗、纠正和清除复杂因素、抗感染治疗和保护肾功能的治疗。首先，一般治疗，患者需要注意适当休息，增加营养，以提高机体的抗病能力。多喝水，勤排尿，降低髓质渗透压，提高机体对细菌的吞噬能力，将膀胱内的细菌冲走，缓解排尿不适症状。

如果膀胱刺激症状明显，患者可以用碳酸氢钠碱化尿液，缓解症状。其次，要仔细寻找复杂因素，积极去除反流、结石、梗阻、畸形等功能性或解剖性原因。重度膀胱输尿管反流患者需要选择手术治疗来纠正尿液反流，并且要定时排空膀胱，排尿两次。

对于慢性肾盂肾炎的抗感染治疗，如果是急性的，可以按照急性肾盂肾炎的原则处理。

对于反复发作的患者，治疗前应通过尿液细菌培养鉴定病原体，并对复发或再感染进行鉴定。根据病情、尿细菌培养及药敏结果，选择最有效、毒性较小的抗生素。采用两种药物联合用药，疗程至少持续2-3周。如果服药3-5天后症状没有改善，应考虑使用其他抗生素。

根据药敏结果，可将几种抗生素分成2-3组轮流使用，每组使用一个疗程。停药一周后，可以开始下一组药物的治疗。对于疾病晚期的慢性肾功能衰竭患者，要给予低蛋白饮食，控制高血压，纠正酸中毒，以延缓肾功能的损害。以及禁用有肾毒性的药物。