底部肌肉疼痛的原因如下:

首先考虑有直肠黏膜下脓肿或肛管直肠间隙脓肿等感染性疾病。

此外，也不排除炎症性肠病，因为肠黏膜发生了充血、水肿、糜烂等病理改变。

再者，如果肠道内有息肉或肿瘤组织，局部黏膜组织被侵蚀，黏膜内的神经组织被侵犯，也会出现臀部肌肉疼痛的症状。

患者可以到正规医疗机构的肛肠科就医。通过局部肛门检查、肛门指诊、肛门内镜检查可初步确诊。必要时可进行直肠超声检查或电子纤维结肠镜检查。