疱疹性咽峡炎是一种好发于3至10岁儿童的疾病。这个物种在一年中的秋季和夏季最容易生病。而且同一个病人在同一时间段内可以有几种疾病，每种疾病感染的具体病毒也不一样。被病毒感染后，不会立即出现症状，通常有3至10天的潜伏期。潜伏期过后，病人会突然开始高烧，大约24小时后发烧达到高峰。

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当病人发烧时，体温甚至可以达到41℃，通常在39-41℃之间徘徊。其他患者发病后易出现头痛、咽喉不适、肌肉疼痛等症状。如果婴儿生病，他们会呕吐并拒绝进食。

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有些病人在发病时可能会出现热性惊厥。尤其是儿童最容易因该病引起热性惊厥。如果是成年人，生病后会有疼痛感，吞咽食物有困难，四肢肌肉有疼痛感。

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部分患者发病后厌食、全身无力。这种症状一般持续4到5天左右，然后患者的咽喉部会出现一个小丘疹，逐渐发展成水疱或溃疡，在水疱或溃疡周围，会出现1到5毫米左右的红晕。

这种病的溃疡面大约1到5天慢慢愈合。发热患者，3天左右体温逐渐恢复正常，之后症状开始慢慢消失。部分患者的下颌淋巴结会受到影响，导致淋巴结肿大。