引起射精后生殖器疼痛的原因有很多，如手淫、尿路感染、性生活频繁等等，具体如下:

1.自慰。如果患者经常自慰，容易出现生殖功能障碍，引起早泄、阳痿等现象，射精后还可能出现生殖器疼痛。

2.泌尿系统感染。如果患者的泌尿系统被病菌感染，没有得到及时治疗，很容易引发炎症。在正常的性生活中，射精后也会有生殖器疼痛。

3.频繁的性生活。频繁的性生活容易导致生殖器官充血或局部痉挛，从而导致射精后出现疼痛症状。