新生儿晚上咳嗽一两次的原因有:

1.感冒引起的。如果晚上不注意局部保暖，感冒后可能会出现这种现象。这种情况通常不需要特殊的药物治疗。

2、过敏引起的。如果吸入一些过敏物质，也有可能是支气管黏膜受到刺激，通常以干咳为主。

3.咳嗽变异性哮喘。该病患者一般在夜间或凌晨出现咳嗽症状，多为干咳，部分患者可伴有胸闷、呼吸困难。