颅底凹陷手术后，可能会有后遗症，如下:

1.手术后需要逐渐恢复。部分脊髓空洞症患者术后可能出现空洞粘连。

2.术后可能因椎基底动脉供血不足而出现头晕、眼花、恶心、呕吐等相关症状。

3.颅后神经多，可引起呛咳、吞咽困难、声音嘶哑、言语不清、舌肌萎缩、咽部反应减弱等相关症状。由于术后脑干移位、牵引、蛛网膜粘连等因素。