婴儿夜间咳嗽严重，需要根据具体情况进行治疗:

1.如果半夜咳嗽剧烈，白天没有咳嗽，考虑是过敏性咳嗽引起的。过敏原，如螨虫、动物皮屑、花粉等。，需要取出，并在医生指导下使用西替利嗪、孟鲁司特钠等药物进行治疗。

2.如果咳嗽是由肺炎支原体感染引起的，则需要使用阿奇霉素，配合止咳化痰等中成药。

3.如果痰稠，可以用糖皮质激素雾化治疗。

4.如果是反流性食管炎引起的咳嗽，就要综合应用胃黏膜保护剂、促胃动力药等。进行综合治疗。