儿童的生殖器疼痛是由以下因素引起的:

1.包皮过长。孩子可能有先天性包皮过长，包皮过长容易产生大量包皮垢刺激龟头，引起包皮发炎感染。

2.外伤造成的。可能是小孩子玩的时候撞到了，局部有伤口。尿液会刺激伤口引起的排尿疼痛。

3.尿路结石。这种情况一般是结石在体内移动时刮伤子宫内膜组织造成的。

家长要带孩子去检查。如果包皮过长，可以割包皮。如果是结石，小结石可以用排石药物治疗，比如排石颗粒。如果是很大的结石，就要做手术取石。如果是外伤引起的，要注意伤口的清理，可以用碘伏清洗。