三叉神经痛最容易和牙痛混淆。有的人拔牙是因为觉得不是牙疼，但是拔牙后还是没有效果。一般牙痛都是持续性疼痛，疼痛部位大多局限于牙龈，而且牙痛一般都有明显的病变，一般x光检查或肉眼就能看出来，而三叉神经没有明显的病变，即使x光也检测不出来。有时三叉神经痛会被误认为是副鼻窦炎。

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三叉神经痛容易与额窦炎或上颌窦炎混淆。一般来说，这些副鼻窦炎会引起疼痛和鼻涕流出，但三叉神经痛不会引起鼻涕，也不会堵塞患者的鼻子。三叉神经痛有时会与青光眼混淆。

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青光眼发病时可能被误认为第一三叉神经痛。一般来说，青光眼急性发作会导致持续性疼痛，疼痛局限于某一部位，但三叉神经痛可呈现放射痛，一般为间歇性。

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颞下颌关节炎有时可能与三叉神经痛混淆。颞下颌关节炎引起的疼痛是持续性的，可引起关节压痛，而三叉神经痛是间歇性的，一般不会引起关节压痛。颞下颌关节炎可以通过x光检查出来。

偏头痛和三叉神经痛经常被混淆。除了偏头痛，它还会引起疼痛，患者的视力可能会受到损害，如视力模糊，有时会呕吐。疼痛时间往往较长，但三叉神经痛疼痛时间较短，不会伴有视觉症状，也不会引起患者呕吐。