目前治疗幽门螺杆菌主要有两种方案，即三联疗法和四联疗法。三联疗法分为传统三联疗法和标准三联疗法。

1.传统三联疗法

传统三联疗法又称铋三联疗法，以铋化合物和四环素甲硝唑为基础，费用相对便宜。

2.标准三联疗法

标准三联疗法又称质子泵抑制剂三联疗法，通常采用有效的三联疗法，每天两次，包括质子泵抑制剂、克拉霉素和甲硝唑；或质子泵抑制剂、克拉霉素、阿莫西林等。，疗程1-2周，根除率71%-96%。

3.四联疗法

质子泵抑制剂加铋联合两种抗生素的治疗成为四联疗法，即在铋三联疗法的基础上加用质子泵抑制剂的四联根除疗法，可明显提高疗效，但依从性差。国际公认的四联疗法通常指质子泵抑制剂枸橼酸铋阿莫西林甲硝唑文件。

当然还有其他的个性化疗法，因人而异，这里就不具体介绍了。根除幽门螺杆菌并不难，但根除后往往会出现反复感染。为什么重复感染率高，没有统一的结论。这可能与幽门螺杆菌的家族聚集现象有关。此外，药物治疗主要针对胃中的幽门螺杆菌，口腔菌斑中残留的部分幽门螺杆菌因药效难以达到而难以清除。因此，在药物根治幽门螺杆菌的同时，建议使用安静牙膏刷牙进行辅助治疗(注意:安静牙膏不是药物，其所含的乳清蛋白可以抑制口腔内的幽门螺杆菌，只能起到预防和辅助治疗的作用)。