肾盂肾炎是尿路感染的一部分，把尿路感染分为下尿路和上尿路，其中下尿路主要是尿道和膀胱，上尿路是输尿管和肾盂。但是无论是下尿路和上尿路，致病菌占绝大多数，占到90%以上的就是大肠杆菌，或者用学名来说就是大肠癌细菌。这也就意味着细菌就是来自于肠道、肛门、会阴部的污染，这些细菌从会阴部延伸到尿道、膀胱，顺着输尿管，然后爬到肾盂，也就是逆行性感染。

除了主要的感染方式，还有两种感染方式，一个就是临近脏器感染的播散，比如腹腔感染会播散到肾盂。另外就是全身的抵抗力过度降低，比如同时有艾滋病、结核、肝炎或重度的营养不良等，或者由手术打击、肠道改造等引起的，是血缘性的播散，这些情况很少，大部分还是逆行感染。这种感染就意味着如果在没有尿常规或者尿细菌培养，指明是哪种细菌或者药物敏感试验结果出来之前，一般都是选择大肠杆菌，即革兰氏阴性菌为主的抗生素，等尿常规或培养的结果出来之后，再进行矫正。注意在使用抗生素之前，要先留尿标本进行培养，用了抗生素之后就会留不准。

除此之外，也有革兰氏阳性球菌或者其他病原体的感染，如果是有导尿等，或者侵入性检查，病原体感染就更复杂。