手术是彻底治愈卵巢囊肿的唯一方法。药物一般只起辅助作用或抑制肿瘤生长。当然，针对不同的病情，不同的治疗方法是不一样的。当然，如果不是恶性肿瘤，手术切除还是比较简单的，没有很大的心理压力。以下是治疗卵巢囊肿的方法:

1.卵巢良性肿瘤患者:切除受影响的卵巢肿瘤，术中必须检查对侧卵巢情况。如果对侧也有肿瘤，必须切除，同时做病理检查。但术后容易复发。恶性肿瘤患者:首选手术，手术范围广。一般全子宫切除，双附件扩大网膜。手术后需要化疗和放疗。

2.半保守手术:主要是切除子宫和子宫内膜异位症病变(卵巢巧克力囊肿)，保留卵巢功能。适用于45岁以下无生育要求，或病变范围广，不能保留生育功能，或并发子宫肌瘤或子宫腺肌病者。

3.根治性手术:全子宫切除和双侧阑尾切除，不保留卵巢功能。如因粘连严重难以施行子宫切除术，可施行子宫次全切除术或仅双侧卵巢切除术。适用于接近更年期或年轻但患有严重疾病的人。

4.内外兼治:个人推荐这种方法。内服补血益气，扶正固本；外治法可以祛瘀散结，散寒行气。因为如果单用内服祛瘀散结，必须使用三棱、莪术等破血药。破血会伤血，破血会使血更虚，不可取。但单靠外治法并不能补血益气，扶正固本，会事倍功半。

5.保守手术:包括开放手术和腹腔镜手术。手术范围包括分离患者盆腔粘连，电灼或切除盆腔病变，子宫悬吊术，卵巢子宫内膜异位囊肿剥除术，同时切除子宫肌瘤。痛经严重者，应切除骶前神经。

如果是恶性肿瘤，手术切除后要注意采取一些辅助治疗措施，一般以药物为主，比如中西医结合。另外，术后患者一般身体虚弱，容易被细菌感染，要注意术后卫生。