临床上应与单纯性口腔溃疡、雷特氏综合征、强直性脊柱炎、炎症性肠病等鉴别。

1.单纯性复发性口腔溃疡是最常见的口腔黏膜溃疡性病变，具有复发性特征。大多数发生在年轻人身上。唇、颊、舌尖、舌缘等处的粘膜。容易长头发。起初口腔黏膜充血(红)肿胀(微肿)，出现米粒大小的红点，迅速破溃为圆形或椭圆形溃疡，中心略凹，表面有灰黄色的被膜，周围有狭窄的平齐。有自发性剧烈灼痛，受刺激时加重，影响患者说话和进食。一般没有明显的全身症状。白塞氏病是一种全身性疾病，不仅包括口腔溃疡，还包括眼部疾病、会阴溃疡和针刺反应。

2.虽然瑞德综合征可能有口腔溃疡、龟头炎、结膜炎，容易与白塞病混淆，但前者没有针刺反应和静脉炎。

3.强直性脊柱炎的基本病变是附着点炎症。HLA— B27常呈阳性，重症或晚期病例有脊柱强直，脊柱关节呈竹节样改变，可与白塞病相鉴别。

4.克罗恩病可有口腔溃疡，主要表现为消化道节段性溃疡或增生，肠道可铺满卵石样改变；溃疡性结肠炎的特点是下消化道溃疡，主要是乙状结肠病变，可自下而上发展至回肠。有人称之为“反流性回肠炎”。炎症性肠病患者大多腹泻严重，大便呈脓性。此外，X线或纤维结肠镜检查可以帮助诊断，并将其与白塞氏病相鉴别。

5.系统性红斑狼疮可能有眼部疾病、口腔溃疡以及神经和心血管系统疾病，但其病情是进行性的，而不是周期性的，LE细胞和抗核抗体呈阳性。这些异常发现从未在白塞氏病中发现。

6.韦格纳肉芽肿有眼部病变和多系统损伤，但其病情进行性恶化。肺部X线检查显示各种浸润阴影，有时形成空洞。组织病理学特征为肉芽肿性血管炎，肾功能严重受损。没有阴部溃疡，针刺试验阴性，很容易与白塞氏病鉴别。

7.结核性关节炎有时伴有结节性红斑，但无眼部损害和阴部溃疡，一般无心血管和神经系统损害。抗结核治疗有效。虽然结核感染可引起白塞氏病，抗结核治疗有效，但结核引起的白塞氏病不仅有结节性红斑和关节炎，还有血管系统、神经系统和粘膜的改变。区分它们并不困难。

8.当白塞氏病成为血管疾病的主要临床表现时，应与大动脉炎相鉴别。后者主要表现为上肢或下肢无脉症，无口腔或阴部溃疡，巨细胞动脉炎无静脉改变，针刺反应阴性，皮损少。