龟头根部有肉刺，是由以下两个因素造成的:

第一，尖锐湿疣。尖锐湿疣最典型的症状是龟头处有一个凸起的肉刺，发红并伴有瘙痒和疼痛，一般与性生活不洁和交叉感染有关。

第二，珍珠疹。珍珠疹的症状是凸起的肉刺，但都是白色的，不会有不舒服的症状。也与性生活不洁有关。

根据检查结果，如果是尖锐湿疣，可以选择激光或冷冻手术去除；如果是珍珠疹，可以不处理，也可以激光去除。