单纯性肛瘘为外口，一瘘一内口，称为单纯性肛瘘。两个以上外口称为复杂性肛瘘，两个以上内口也称为复杂性肛瘘。另外，肛门前侧的瘘管，因为肌肉无力，也叫复杂性肛瘘。还有一种特殊类型的肛瘘，环绕肛管半圈，甚至一圈，称为蹄型肛瘘，也属于复杂性肛瘘的范畴。

单纯性肛瘘和复杂性肛瘘是肛瘘的区分方法，主要根据外口的多少来判断。

复杂性肛瘘对手术要求较高；

首先，手术后很难找到管子和内口。

第二，保护肛门括约肌，可能更难权衡切口和保护肌肉。