人体内的造血干细胞会因为某些原因出现克隆和异常增殖，从而导致非典型CML。当人体造血干细胞克隆增殖时，会出现不同形态的造血干细胞。这些细胞克隆是不完整的，不成熟的，只会停留在某个生长阶段然后被固定。这样会造成体内造血干细胞大量流失，但同时又有大量异常造血干细胞，这些异常造血干细胞会在人体骨髓等造血组织中积聚，抑制人体造血功能，从而引发疾病。

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患了非典型慢粒后，人的正常造血功能会受到很大抑制。之后，患者会出现贫血，并伴有出血和感染。部分患者患病后会有脾肝肿大的倾向。更有甚者，各种器官都可能变软。

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非典型CML起病相对较慢，早期疾病的早期症状往往不易察觉，所以此病属于慢性白血病的一种。从分期上来说，一开始是慢性期，然后可以进入加速期，最后病情骤降到急性期。

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非典型CML发病后，患者的生存期一般在三到四年左右，这种疾病的预后很差。患病后，患者会感到虚弱，全身出汗，尤其是晚上睡觉时。体重会明显减轻，会出现明显的高代谢问题。

非典型CML有一些不常见的症状，如发病后腰酸背痛，有的人四肢、脾脏疼痛。更有甚者，下胸部会有剧烈的疼痛。但是，这样的症状很少见。