肛肠疾病的症状一般比较明显，肛瘘也是。在发病初期，最常见的症状是指肛门瘙痒，但不能通过瘙痒判断为肛瘘，因为瘙痒不是肛瘘的唯一症状。以下是肛瘘症状的总结:

1.脓漏是主要症状。脓液的多少与瘘管的长度和数量有关。新瘘管脓液较多，分泌物刺激皮肤，使皮肤发痒难受。外口堵塞或假性愈合时，脓液积聚于瘘口，局部肿痛，甚至发热。闭合的瘘管破裂后，症状就会消失。

肛瘘外口少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。大高位肛瘘，由于瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，粪便和气体常排出。

2.疼痛瘘管通畅，没有炎症，所以经常感觉不到疼痛，只有局部胀痛不适，行走时加重。瘘管感染或脓因排出不畅而肿胀发炎时可引起疼痛。内瘘常引起直肠下部和肛门灼热不适，排便时疼痛。

3.发痒。由于脓液不断刺激肛周皮肤，肛门周围常感瘙痒、潮湿、不适，皮肤变色，表皮脱落。纤维化和增厚，有时形成湿疹。

4.排便不畅，并发肛瘘，长期不愈，可在肛门直肠周围造成较大的纤维性瘢痕或环状条带，影响肛门的松弛和闭合，排便困难，有一种方便不尽的感觉。

5.全身症状在复杂性肛瘘急性炎症期和反复发作期，可出现不同程度的发热，或长期慢性消瘦、贫血、无力等消瘦症状。

一般肛瘘是由感染因素引起的，但感染的途径有很多种，不仅包括卫生问题，还有邻近器官炎症扩散的可能。但相对于卫生感染，这方面的病例还是很少的。