龟头隐隐作痛是由以下两个因素引起的:

第一，有龟头炎症。因为龟头炎发生时，少量细菌会刺激龟头内部，导致龟头内部黏膜受损。所以龟头会隐隐作痛，尤其是上厕所小便时，疼痛症状会更明显。

第二，过度手淫造成的。因为过度手淫会摩擦局部，造成局部刺激性疼痛，长此以往容易形成炎症感染。

可以做常规龟头检查，根据检查结果处理。如果是单纯的龟头炎症，可以用红霉素治疗。