流感病毒主要攻击人体呼吸道黏膜的上皮细胞，偶尔也可侵入人体肠道黏膜。因侵入人体肠粘膜而引起的流感称为胃肠型流感。病毒进入人体后，会依靠一种血凝素物质吸附在人体的细胞表面，然后进入患者细胞的细胞质，可以识别人体细胞的细胞质释放聚合酶、核蛋白、膜蛋白和神经氨酸酶。它将继续在人类细胞中复制。从而引起患者粘膜充血，引起诸如打喷嚏和流鼻涕的症状。

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流感病毒进入人体细胞后，在细胞质中释放编码蛋白。这些编码蛋白可以通过病毒的遗传物质在细胞内不断复制繁殖，最终在细胞内发现越来越多的病毒，导致患者发病。流感病毒进入细胞后，一个复制周期约为8小时。

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流感病毒进入细胞后，宿主细胞会变性甚至坏死，最后患者黏膜充血，身体肿胀，分泌物增多，使患者出现流鼻涕、咽痛、干咳等上呼吸道症状。如果流感病毒扩散到人体下呼吸道，就会引起气管炎或间质性肺炎。

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流感病毒也会被机体的干扰素异常表达，扰乱患者细胞的免疫调节功能，从而导致一些自身免疫反应。当这些自身免疫反应出现时，患者的身体会发热，会感到头痛，甚至肌肉酸痛。病毒代谢的一些有毒产物的释放会加重这种免疫反应。

对流感要特别小心，因为这种疾病会导致死亡。由于流感病毒可以降低患者呼吸道上皮细胞清除异物的功能，大大降低了人体呼吸道抵抗感染的能力，会导致继发感染，从而引起流感肺炎。