男性排尿时阴茎有刺痛感，这是由以下两个因素引起的:

第一，可能有龟头炎症。龟头炎发生时，一般是细菌刺激引起的，会刺激泌尿道内的黏膜。当尿液中有细菌时，到达龟头口也会导致龟头刺痛。

第二，也可能是龟头部分受伤。比如性生活时用力过猛会损伤龟头。局部排尿时，尿液会刺激受伤部位，引起疼痛。

所以建议可以做龟头常规检查。如果是龟头炎症，可以选择红霉素进行治疗。