慢性肾盂肾炎的临床过程是反复和延长的。延误诊断和不当治疗最终会导致终末期肾衰竭。因此，一旦明确诊断，应积极控制感染，缓解症状，尽力纠正和清除泌尿系统功能和解剖异常。慢性肾盂肾炎患者需要适当休息，增加营养，提高防御能力。多喝水，勤排尿，以降低髓质渗透压，提高机体对细菌的吞噬能力，冲洗膀胱内的细菌，从而缓解排尿不适症状。

如果膀胱刺激症状明显，可口服碳酸氢钠碱化尿液，缓解症状。并且要仔细寻找复杂的病因，积极去除返流、结石、梗阻、畸形等功能性或解剖性病因。重度膀胱输尿管反流患者需要选择手术治疗纠正尿液反流，定时排空膀胱，排尿两次，必要时给予长期小剂量抑菌治疗。慢性肾盂肾炎急性发作的患者，应按急性肾盂肾炎的原则治疗。

对于反复发作的，在治疗前，需要通过尿细菌培养确定致病菌，确定复发或再感染。根据病情、尿细菌培养及药敏结果，选择最有效、毒性较小的抗生素。此外，还要保护肾功能。

对于慢性肾功能衰竭晚期患者，应给予低蛋白饮食，控制高血压，纠正酸中毒，使用ACEI/ARB类药物延缓肾功能损害。禁止使用具有肾毒性的药物。