临床上应与其他肾小球疾病相鉴别。

首先要与非IgA系膜增生性肾小球肾炎相鉴别。非IgA系膜增生性肾小球肾炎合并肾病综合征患者的临床特征与微小病变肾病非常相似，部分患者可出现突出的血尿。光镜下可见弥漫性系膜细胞和基质增生，免疫荧光可见IgG、IgM和C3沉积。电镜下可见电子致密物沉积于系膜区，可与微小病变肾病相鉴别。

如果只有轻度系膜增生，免疫荧光阴性，则应归类为微小肾病。此外，微小病变肾病应与局灶节段性肾小球硬化相鉴别。局灶节段性肾小球硬化(FSG)以局灶节段性肾小球硬化为特征，由于肾活检或病理切片未发现肾小球硬化，故可能误诊为微小病变肾病(MN)。因此，要求光镜下至少有10个肾小球。仍有一些线索可以帮助诊断微小病变肾病在长期缓解后是否可以转变为局灶节段性肾小球硬化仍是未知的。

此外，还需要与IgA肾病相鉴别。典型患者不易与微小病变肾病混淆，但部分IgA肾病患者表现为肾病综合征。光镜下无明显病变或仅有轻度系膜增生。电镜下可见系膜区广泛的足突消失和电子致密物沉积。而免疫荧光主要是IgA沉积，可用于鉴别诊断。

此外，微小病变肾病应与膜性肾病相鉴别。早期膜性肾病在光镜下可表现为肾小球正常，与微小病变肾病相似。而免疫荧光显示IgG沿毛细血管壁颗粒状沉积，电镜下可见电子致密沉积，可以区分。