急性肾盂肾炎通常有典型的症状和异常的尿液检查结果，因此诊断并不困难。如果只有高热但尿路症状不明显，应与各种发热疾病相鉴别。腹痛、腰痛应与胆囊炎、阑尾炎、盆腔炎、肾周脓肿相鉴别。一般经过反复尿检就能确诊。

慢性肾盂肾炎的尿路症状不明显，尿常规无明显变化或间歇性出现尿异常，容易误诊。女性中，有不明原因发热、腰酸背痛、乏力和轻度尿路症状者，不应考虑这种疾病的可能性。尿常规检查，培养和证据应重复，慢性肾盂肾炎伴高血压应与高血压相鉴别。此外，还需要与以下疾病相鉴别。

(1)肾结核分泌生殖道结核常同时伴有。是最常见的肺外结核，多由血源性感染引起。急性期有发热(低热)、盗汗、腰痛、尿频、尿急、尿痛、血尿等症状。约20%的病例可能没有临床表现，也称为无声尿感。若干年后，肾实质被破坏，结核肉芽肿和干酪样变性首先累及髓质。肺部x线检查、前列腺、附睾和盆腔结核的检测有助于本病的诊断。尿液检查包括血尿(镜下血尿或肉眼血尿)、脓尿、皮试(PPD)阳性、尿结核培养，检出率90%以上。但静脉肾盂造影只能发现晚期病例。近年来，聚合酶链反应(PCR)被广泛应用于诊断，其特异性和阳性率高达95%。

(2)慢性肾小球肾炎伴水肿和大量蛋白尿不难鉴别。肾盂肾炎尿蛋白量一般在1 ~ 2g/d以下，超过3g则多为肾小球疾病。但本病与隐匿性肾炎很难区分，隐匿性肾炎尿常规中红细胞较多，而肾盂肾炎以白细胞为主。此外，尿液培养、长期观察患者低热、尿频等症状也有助于鉴别。肾炎继发尿路感染很难区分。此时可以分析详细的病史和临床特征。

(3)前列腺炎。50岁以上的男性，因为前列腺增生肥大，导尿，膀胱镜检查，容易得这种病。急性前列腺炎除寒战发热外，血液中白细胞总数增多，腰骶部、会阴疼痛导致不适，尿频、尿痛，尿检有脓细胞，易与急性膀胱炎混淆。慢性前列腺炎除尿检异常外，临床症状不明显。前列腺按摩获得的前列腺液检查，白细胞数> 10 /HP，前腺b超有助于鉴别诊断。