消化不良的原因有很多，包括胃和十二指肠的慢性炎症，使食道、胃和十二指肠的正常蠕动功能失调。病人精神上的不愉快，长期的忧郁或突然的暴力刺激都可能引起。胃轻瘫是由糖尿病、原发性神经性厌食症和胃切除术引起的。

老年人消化功能下降，容易受情绪影响。有时，当食物有点粗糙或凉，食物太多太油腻时，也可诱发。

值得强调的是，一般在家自治的轻度消化不良，多由心情不好、工作压力过大、天气寒冷或吃了太多难以消化的食物引起，只有上腹部不适、饱胀、烧心等轻度症状。

消化不良可由特发性、先天性、炎性、感染性或胰腺疾病引起，也可继发于各种全身性疾病。比如乳糜泻就是谷蛋白敏感性肠病，是原发性肠道吸收不良综合征。由于肠黏膜中缺乏某种肽酶，所以无法完全分解谷蛋白的代谢产物α-谷蛋白，α-谷蛋白对肠黏膜有很强的损伤作用。吃面筋刺激肠黏膜局部lgA抗体产生，可与lgA形成抗原-免疫原复合物，沉积于肠黏膜，在补体参与下引起过敏反应，引起肠黏膜损伤。吸收不良综合征包括热带和非热带吸收不良综合征，以及儿童乳糜泻。吸收不良综合征流行于热带地区，以慢性脂肪泻、多种营养素缺乏、口腔炎和巨幼细胞性贫血为特征。抗生素治疗是有效的。乳糜泻和非热带吸收不良综合征的患儿主要是由于不能耐受谷蛋白而导致吸收不良综合征。