男性精子存活率低与一些疾病、遗传因素和不良生活习惯有关。

有些疾病导致精子存活率低，如垂体功能亢进或减退、垂体瘤、肾上腺功能亢进、甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、先天性睾丸异常、睾丸外伤、炎症、扭转等。

遗传导致精子存活率低，如正常染色体或性染色体异常、克氏综合征等。

不良的生活习惯也会导致男性精子存活率低，比如长时间桑拿洗澡，或者长时间暴露在高温高辐射下。