甲型流感病毒呈阳性，应根据具体情况给予相应治疗:

1.流感原因:如果患者有典型的流感症状，可能需要给予积极的对症治疗和抗病毒治疗，如对乙酰氨基酚等退烧药，以控制体温，缓解头痛和肌肉酸痛的症状。还需要使用奥司他韦等抗病毒药物进行治疗。

2.可能是假阳性:需要根据具体病情来处理。比如患者只是普通感冒，没有典型的流感症状。此时只需对症治疗，可以使用安卡黄敏胶囊等感冒药。

3.细菌性肺炎:咳嗽、流脓、有痰、发热等相关表现，可能需要进一步血常规和胸部CT检查。如果是细菌性肺炎，需要用敏感的抗生素治疗，如头孢曲松钠、左氧氟沙星等。

所以甲型流感病毒呈阳性，需要在医生的指导下进行治疗。