临床上对支原体、衣原体患者的治疗主要是一般治疗和药物治疗。

衣原体感染患者主要是呼吸道疾病。一般的治疗主要是注意居住环境的空气流通，调节睡眠质量。饮食应侧重于高蛋白和维生素含量的食物。

同时，对重症患者应检测脉搏和血压的变化。

最常用的药物是大环内酯类药物和四环素类药物。如果治疗及时，大多数患者预后良好，甚至可以治愈。然而，一些严重的患者，如果治疗不当，可能会转变为慢性疾病，甚至导致死亡。