20%不采取任何治疗措施的先天性脑积水患者，可能会自行停止病情发展，不会继续恶化。然而，如果不采取治疗措施，近一半的儿童将在一年半内死亡。而且脑积水患者的神经功能障碍与脑积水的严重程度密切相关。重度脑积水患者也有严重的神经功能障碍，应积极治疗脑积水患者。

脑积水的治疗方法有两种:非手术治疗和手术治疗。早期脑积水患者，病情较轻，发展较慢，可用利尿剂或腰椎穿刺引流治疗。非手术治疗失败且有严重脑积水的患者可手术治疗。但是手术治疗也可能会造成很多后遗症。

分流道阻塞是脑积水手术的常见后遗症，占临床脑积水后遗症患者的50%至70%。其次是感染，感染的发生率约为7%至10%。脑积水患儿术后感染比例最高，达30%以上，主要引起腹膜炎或脑室炎。

小儿脑积水术后最常见的后遗症是过度分流综合征。大多数孩子会出现典型的体位性头痛，站立时会加重，躺下后疼痛会减轻。如果脑脊液分流不足，脑积水患者术后症状得不到改善，脑脊液不能顺利排出。防止这些后遗症最有效的方法是采用一种可以调节压力和分流的系统。

脑积水手术后，应密切观察瞳孔和意识的变化，以及患者的体力活动和生命体征。观察病人是否有后遗症。如果术后患者周围皮肤有任何异常，如溃疡或脑脊液漏，要及时告诉医生进行治疗。