龟头下有水疱，由以下两个因素引起:

首先，考虑生殖器疱疹。生殖器疱疹最典型的症状是水疱和瘙痒，是不洁性生活交叉感染造成的。

第二，可能有尖锐湿疣。尖锐湿疣的症状是水疱，有传染性，是乳头瘤病毒感染引起的。

根据检查结果，如果是生殖器疱疹，可以选择胸腺肽肠溶胶囊进行治疗。如果是尖锐湿疣，可以选择三氯乙酸治疗或者激光治疗。