慢性肾小球肾炎的鉴别诊断需要与慢性肾盂肾炎相鉴别。慢性肾盂肾炎的临床表现可与慢性肾小球肾炎相似，晚期可出现大量尿蛋白和高血压，与慢性肾炎难以鉴别。但慢性肾盂肾炎多见于有尿路感染史的女性，如尿频、尿急、疼痛、腰痛等。此外，慢性肾盂肾炎的尿液检查可见尿液红细胞增多明显，甚至有白细胞管型存在。尿培养阳性有助于慢性肾盂肾炎的诊断。而慢性肾小球肾炎则是以尿液中重复的蛋白质和红细胞为主。

另外，如果静脉肾盂造影发现肾盂有瘢痕变形，杵状扩张，或双侧肾影不对称，放射性核素肾图检查与双侧肾功能损害有较大差异，这些都提示慢性肾盂肾炎。此外，慢性肾小球肾炎需要与结缔组织疾病引起的肾损害相鉴别。系统性红斑狼疮、结节性多动脉炎等疾病常伴有肾脏损害，其临床表现与慢性肾小球肾炎相似。但这些疾病大多伴有全身或其他系统症状，如发热、皮疹、关节痛、肝脾肿大等。，实验室检测可以发现特征性异常。血清补体水平将显著降低。

此外，还应与高血压肾损害相鉴别。临床上很难区分原发性高血压肾损害和肾性高血压，应详细询问病史。多数患者有高血压家族史，先有长期高血压，后有肾脏损害。远曲小管功能损害早于肾小球功能损害，尿液变化轻微，常出现高血压的其他靶器官损害并发症。如果患者是中青年，先发现血尿、蛋白尿，再出现高血压，支持肾性高血压。