怀孕后50天，宫外孕囊缺失有两种原因:

第一，月经周期比较长，怀孕时间比较短，孕囊还没有发育。

二是已经怀孕，但由于血HCG值低，发生了生化妊娠。

可以去医院做个血HCG和孕酮检查，然后做个子宫附件超声检查。两种检查相结合，可以在专业医生的指导下对症治疗。可以连续监测血HCG和孕酮的变化，早期每隔一天HCG值会翻倍。如果增长正常，没有大问题。但是受孕晚的原因，如果长势不好，考虑生化怀孕的概率比较大。