在腺病毒肺炎的病程中，感染如金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎球菌、肺炎球菌、绿脓杆菌等。可能会很复杂，使病情更加严重。腺病毒肺炎后期，以下几点往往提示有继发细菌感染的存在:①发病后10天左右病情未见好转，或一度缓解后加重；(2)痰变黄或淘米水色；③身体其他部位有化脓性病灶；④脓胸；⑤X线检查显示新阴影；⑥白细胞计数和中性粒细胞比率增加或核向左移位；⑦中性粒细胞碱性磷酸酶或四氮唑蓝染色值增加。

在重症腺病毒肺炎的极端阶段(第6 ~ 15天)，少数病例可并发弥散性血管内凝血(DIC)，尤其是继发细菌感染时。DIC前有微循环功能障碍，起初多限于呼吸道和胃肠道少量出血。以后可能会出现肺部、胃肠道、皮肤大面积出血。通过初筛试验、初筛试验和确认试验确诊。大便隐血试验阳性和血小板计数下降是初筛试验的重要指标。诊断必须依据血小板减少、纤维蛋白原减少和凝血酶原时间延长中的两项异常，或鱼精蛋白共凝试验(三联P试验)、乙醇凝胶试验和优球蛋白溶解时间中的一项异常。

长春白求恩医科大学发现重症病例或合并7型或3型腺病毒心肌炎者，发病急，恢复快。一般见于病程第2周早期，随着心肌缺氧和水肿的消除，恢复较快。但由于心力衰竭，心肌炎常被漏诊；应注意突然出现的面色苍白、多汗、呕吐、腹痛、心脏增大、心率增快或减慢、肝肿大等。，并应做常规心电图和心肌酶检查以明确诊断。