强迫症的治疗药物通常分为几类，首选药物通常是各种抗抑郁药。它的副作用表现在各个方面，可能在所有系统中都有。

现在首选叫新型抗抑郁药，最常见的副作用是消化道反应。在最初用药的一两周内，患者会感到恶心，食欲不振，甚至呕吐，这是最常见的反应。长期不良反应可能导致内分泌改变，如女性月经失调、肥胖等。

非典型抗精神病药物用于治疗强迫症时，可能会导致患者食欲增加，进食增多，进而体重明显增加，即肥胖，这是一个明显的副作用。最常见的是过度镇静。服用非典型抗精神病药物后，患者感到困倦，想睡觉。

就情绪稳定剂而言，有时用于难治性强迫症患者。这种情绪稳定剂对患者最常见的副作用是消化道反应，神经系统的锥体外系表现，如轻微的肢体震颤，以及肝脏或肾脏毒性，但内脏器官的毒性反应非常罕见。