大部分川崎病患者完全治愈后无后遗症，但不排除少部分川崎病患者会有后遗症。川崎病是一种儿童全身性血管疾病，以急性、发热、就诊等现象为特征。川崎病的危害依然严重。研究表明，川崎病可能是我国儿童获得性心脏病的主要病因之一。川崎病如不及时治疗，还可能造成心、脑、肝、肺、肾等多器官损害，但只要积极正确治疗，仍可治愈。

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在川崎病的治疗和恢复过程中，患者仍可能出现许多不舒服的症状，如冠状动脉瘤。如果有冠状动脉瘤，但没有持续发热、贫血等现象，大部分冠状动脉瘤会自行消失。

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即患者可能并发剧烈腹痛、腹胀、黄疸等。甚至有些病人会并发麻痹性肠梗阻或出血等。，这是正常的并发症，可以自行改善，包括关节炎或关节痛。

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川崎病常见的并发症是无菌性脑脊髓炎，由血管炎引起。这种现象临床案例很多，而且恢复的很快。除了会让患者痛苦一段时间之外，并没有什么严重的危害。

虽然川崎病的并发症一般可以自行恢复，但需要注意的是，虽然川崎病复发的概率很低，但仍有复发的可能。所以在治疗川崎病的时候要彻底根除患者，以免给后期带来不必要的麻烦。