许多资料表明克罗恩病与遗传因素有关。结果发现，单卵双胞胎中克罗恩病的相同率明显增加，达到67%，而双胎双胞胎的相同率仅为8%。结果发现，一个克罗恩病患者表现出与爱人的不一致，与一般人群并无不同。以上表明该病是家族性的。另据报道，与非犹太人相比，这种疾病在犹太家庭中的发病率更高，并且发现主要是Askenaz种族的人。

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根据对分散在世界各地的Askenaz人的询问，克罗恩病的发病率高于居住在同一地区的非Askenaz居民。也许Askenaz犹太人代表了人类中具有遗传易感性的人。也有报道称克罗恩病患者多与HLA-DR4血清抗原有关。遗传因素最终如何影响这种疾病的发病仍不清楚。

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结果发现，这些分枝杆菌接种于小鼠腹腔，可引起肝脏和脾脏的肉芽肿和抗酸杆菌。给乳羊口服这些抗酸杆菌后，几个月后，羊回肠末端可出现非干酪性肉芽肿。然后我想分枝杆菌可能是克罗恩病的病因。然而，一些作者观察到，这些分枝杆菌也存在于一些非炎症性肠病或正常人的肠道排列中。

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人们一度怀疑克罗恩病是由病毒引起的。1970年，Mitchell和Rees将克罗恩病患者的肠系膜淋巴结和匀浆通过220nm过滤网后接种到大鼠的脚趾中。6-24个月后，大鼠足趾出现上皮样肉芽肿和巨细胞肉芽肿，家兔回肠出现肉芽肿。免疫抑制药物对病变的发作没有影响，

环境因素:城市居民发病率高于农村。这种差异在瑞典也存在，那里的乡村医疗水平很高，这可能与社会经济位置有关。一些研究表明，口服避孕药会增加炎症性肠病的风险。然而，其他研究未能证明这一点。